在androidManifes.xml批改了包名以后，再用apktool打包会找不到原来的类的

在androidManifes.xml修改了包名以后，再用apktool打包会找不到原来的类的
有没有好的解决方法呢，或者提供下思路也可以的。
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用Ultra Edit之类的工具，搜索替换目录下所有文件，把包名替换为新包名