amber中pdb4amber简单用法

分类: IT文章 • 2023-11-30 14:06:18

以如下命令举例：

pdb4amber -i inputpdb -o outputpdb -d -s :Cl- -s :Na+ -m 78-ALA

命令中：

-i 代表pdb输入

-o 代表pdb输出

-d 代表dry，去除所有水

-s 代表去掉以ATOMMASK为标准的原子，这里去掉了Cl-和Na+

-m 代表残基突变，突变78位氨基酸为ALA，当然这种突变只是坐标替换，不涉及能量优化，多突变以“,”分隔。