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Linux下mpi环境配置与执行步骤（Ubuntu为例）

分类: IT文章 • 2023-11-24 17:22:19

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http://blog.csdn.net/bendanban/article/details/9136755

以两台计算机为例，将这两台计算机应用于MPI运行环境。

第一步：在两台机器上安装Linux 操作系统

我安装的是ubuntu 12.04，主机名随便你自己取，我命名两台机器为sinco和cosin。


第二步：为两台机器设置固定的IP

当然，我这里假设两台机器属于同一个局域网中。

我设置sinco的IP为192.168.0.2

            cosin的IP为192.168.0.3


第三步：设置通过主机名登录(需要ROOT)

编辑sinco上的/etc/hosts 文件，文件的前几行修改成如下形式

127.0.0.1     localhost
192.168.0.2   sinco
192.168.0.3   cosin


编辑cosin上的/etc/hosts 文件，文件的前几行也他哦功能样修改成如上形式


第四步：设置无密码登录

我默认两台机器上已经安装了ssh服务器，如果不能ssh登录，安装一下ssh就行了。别忘了安装就行。

在sinco上，你的用户目录下进入 .ssh 目录，如果没有这个目录，就先创建他，进入之后，执行下面的命令:

执行：

ssh-keygen -t dsa


在.ssh目录下会产生两个文件，id_dsa  id_dsa.pub。

执行：

 cat id_dsa.pub >> authorized_keys



把id_dsa.pub和authorized_keys一起拷贝到cosin机器上的.ssh目录下，如果你也想从cosin机器上无需密码登录回sinco机器上，只要将id_dsa一起拷贝到cosin的.ssh目录下就行了。


实验一下前四步是否成功，在sinco上执行ssh cosin，如果没有密码就登录上去了，说明成功了。如果不行，你就需要在看看是不是做错哪个步骤了。


第五步：编译和安装MPICH

我用的版本是MPICH-3.0.4 ， 下载后，解压，安装配置如下：

./configure --enable-fc --enable-cxx --enable-romio --enable-threads=multiple --prefix=${HOME}/soft/mpich2/3.0.4 --with-pm=mpd
make
make install


两台机器都要这样安装MPICH


第六步：设置环境变量

由于我安装到了非标准目录下，所以要设置下环境变量。

我用的是bash shell，编辑~/.bashrc

在文件的末尾，添加如下几行

export PATH=${HOME}/soft/mpich2/3.0.4/bin:${PATH}
export LD_LIBRARY_PATH=${HOME}/soft/mpich2/3.0.4/lib:${LD_LIBRARY_PATH}
export MANPATH=${HOME}/soft/mpich2/3.0.4/share/man:${MANPATH}


两台机器的.bashrc都要这样设置


第七步：设置进程管理器

我用的是mpd，这一点在mpich编译的时候就指定了。

在两台机器上，编辑${HOME}/mpd.hosts

添加如下两行：

sinco:4
cosin:4


4指的是CPU的个数，我假设两台机器都有四个CPU。


在两台机器上编辑${HOME}/.mpd.conf文件，添加一行：

MPD_SECRETWORD=mypasswd

第八步：启动与测试进程管理器

我在sinco启动进程管理器，

mpdboot -n 2


-n 2 指定启动两个节点。

测试一下：

mpdtrace


如果输出两个主机名，说明测试成功。


测试下mpiexec 

mpiexec -n 2 ls -l


看下输出结果是否正确。


第九步：执行自己的MPI程序

我现在用的机器是两*立的机器，他们没有共享硬盘空间，所以，我只能从一个机器拷贝到另一个机器执行程序，例如我在$HOME目录下有个mpi01.exe，想让他在两个机器上运行下。可以这样做。

将这个程序拷贝到另一个机器上的$HOME目录下。

然后执行：

mpiexec -wdir $HOME -n 2 ./mpi01.exe


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