PD全称Proteome Discoverer，是ThermoFisher在2008年推出的商业Windows软件，没错，收费，还不菲。而且主要也是针对他们家的obitrap产出数据。但在业内用得比较多，尤其是在学术界（因为大部分科研人员只会鼠标点点框）。蛋疼的是你就算买了软件还得配个Windows服务器，因为普通个人电脑可遭不住这种大规模数据的搜索。

除了蛋白鉴定定量，PD还可以做质谱数据的转化。但是我之前比较过，PD转化的结果和MSConvert或ThermoRawFileParser的结果有些差别，不知哪个更可信些。【ThermoRawFileParser】质谱raw格式转换mgf

突然觉得没必要写PD的使用指南。因为你如果没买他们家软件，根本不用看这份推文；你要是买了，会有技术工程师上门服务，专门给你安装配置以及培训。最主要的是，我自己基本用不到这款软件（除了格式转化）。所以我后来干脆贴一个文件，用得着的朋友自行下载。