STM32定时器计时不准确，总有个固定的时间差？该怎么处理

STM32定时器计时不准确，总有个固定的时间差？？
   小弟，最近在用STM32。大致是想用定时器，记下两个方波上升沿之间的那段时间。
 1:   当第一个方波的上升沿到来时，IO口触发中断，在中断中，    我打开了定时器中断并读出了此时的定时器值1。
 2：当第二个方波的上升沿到来时，也触发IO中断，同样在中断中我也读出了此时的定时器值2，并关掉定时器  中断。
 3：在此之间，定时器可能会溢出，在定时器溢出中断中我记下了溢出的次数time；
 4：总时间=定时器值2 +65535*time -定时器值1；
 
问题：
    这样算下来的时间和实际用示波器量的时间存在一个固定的差值，虽然减去这个差值能得到正确的时间，但心里始终不安啊！

补充：开始我认为时钟计算不对，但我下来仔细看了时钟，应该没问题。我用的是外部晶振11.0592M，对PLL进行了6倍频，APB1进行了2分频，定时器预分频为1。
  
  请各位大侠，用过STM32的兄弟，定力支持下，看了下datasheet，也没解决。下面是IO中断代码部分：
   void EXTI9_5_IRQHandler(void)
{
  if(EXTI_GetITStatus(EXTI_Line6) != RESET)  //  触发开始的方波
   { 
     EXTI_ClearITPendingBit(EXTI_Line6);
  ENABLE_PB8_INT;
    } 
   if(EXTI_GetITStatus(EXTI_Line8) != RESET)  //第一个上升沿到
       {
          DISABLE_PB8_INT;
  TIM_ITConfig(TIM5, TIM_IT_Update, ENABLE);  //打开定时器中断  
      capturetime1=TIM_GetCounter(TIM5);   //定时器值1
          EXTI_ClearITPendingBit(EXTI_Line8);
  ENABLE_PB7_INT;
        }
   if(EXTI_GetITStatus(EXTI_Line7) != RESET)   //第二个上升沿到
    {
     capturetime2=TIM5->CNT;   //记下定时器值2
 totaltime=(capturetime2+overflowtimes*65535-capturetime1)*0.03; //0.03是定时器周期
     TIM_ITConfig(TIM5, TIM_IT_Update, DISABLE);  //overflowtimes是溢出次数
 DISABLE_PB7_INT;
     EXTI_ClearITPendingBit(EXTI_Line7);
 overflowtimes=0;
    }
  

  
------解决方案--------------------
定时器溢出了，时钟的速度太快了。。。

要不改时钟，要不你就做溢出次数的统计

这个不能说是人家不准啊
------解决方案--------------------
有溢出是可以的。否则，提供分频系数将降低计时的分辨率。

出现固定的误差是正常的，这是代码运行的路径差异造成的。用基准信号调试，找到并补偿误差就可以了。

------解决方案--------------------
定时器中断中有执行代码时，会影响定时器的精度