网站根目录和另一个虚拟目录都指向同一个类文件，但是两个目录中运行结果不一样！该怎么解决

网站根目录和另一个虚拟目录都指向同一个类文件，但是两个目录中运行结果不一样！！
我用TOMCAT+JAVA开发了一个网站程序；

我配置了两个WEB目录，一个是配置到WEB根目录下
另外还配置了一个虚拟目录，不过它们的都指向同一个工程中。

这时有一个Action，在根目录（网站）下运行会出错。
但是在虚拟目录下运行就没问题。

不知道大家有没有遇到过这样的问题？这是怎么会事？

知道的告诉一下，谢谢！！

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还是相对路径问题吧...
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出什么错误
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路径问题
忘记加 "/ "或者 ". "
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請樓主把錯誤的信息傳上來才好檢討
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把错误信息贴出来看看啊
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Debug下吧
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upup
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还是想办法打印日志吧

这么凭空讨论 很难定位问题