关于java中使用timer进行线程调度

在使用timer进行线程调度时出现这样一种问题，求大侠们指教
主程序入口
[code="java"]
public class App {
public static void main(String[] args) throws Exception {
Timer fileTransportTimer=new Timer("fileTransportTimer");
fileTransportTimer.scheduleAtFixedRate(new FileTransportTimer(), 3000, 1000*30);
}
}
[/code]

定时任务线程
[code="java"]
public class FileTransportTimer extends TimerTask{
public static boolean isRun = false;

public void run() {
if (isRun) {
return;
}
isRun = true;
SimpleDateFormat format = new SimpleDateFormat("hh:mm:ss");
logger.info("开始扫描并发送文件!");
try{
//扫描目录,判断是否有待发送的文件
String path=AppStart.cache.getLocalFilePath();
File root=new File(path);
if(!root.isDirectory()){
throw new Exception("file root is not a directory");
}
File[] files=root.listFiles();
for(int i=0;i<files.length;i++){
File tmp=files[i];
if(tmp.isFile()){
try { MQHandler.sendFile(tmp);

} catch (Exception e) {
e.printStackTrace();
}
}
break;
}
logger.info("发送文件任务结束!");
}catch(Exception e){
logger.error("发送文件任务错误!");
e.printStackTrace();
}finally{
isRun=false;
}
}

}
[/code]

这里已经进行了运行状态的控制，程序确实也是这样的一个执行结果，但每次在执行完成后
都会有这样的日志输出
[color=red]
2013-02-21 16:01:08 com.rf.thread.FileTransportTimer开始扫描并发送文件!
2013-02-21 16:01:08 com.rf.util.MQHandler文件War3x.mpq高优先级
2013-02-21 16:05:20 com.rf.thread.FileTransportTimer发送文件任务结束!
2013-02-21 16:05:20 com.rf.thread.FileTransportTimer开始扫描并发送文件!
2013-02-21 16:05:20 com.rf.thread.FileTransportTimer发送文件任务结束!
2013-02-21 16:05:20 com.rf.thread.FileTransportTimer开始扫描并发送文件!
2013-02-21 16:05:20 com.rf.thread.FileTransportTimer发送文件任务结束!
2013-02-21 16:05:20 com.rf.thread.FileTransportTimer开始扫描并发送文件!
2013-02-21 16:05:20 com.rf.thread.FileTransportTimer发送文件任务结束!
2013-02-21 16:05:20 com.rf.thread.FileTransportTimer开始扫描并发送文件!
2013-02-21 16:05:20 com.rf.thread.FileTransportTimer发送文件任务结束!
2013-02-21 16:05:20 com.rf.thread.FileTransportTimer开始扫描并发送文件!
2013-02-21 16:05:20 com.rf.thread.FileTransportTimer发送文件任务结束!
2013-02-21 16:05:20 com.rf.thread.FileTransportTimer开始扫描并发送文件!
2013-02-21 16:05:20 com.rf.thread.FileTransportTimer发送文件任务结束!
2013-02-21 16:05:20 com.rf.thread.FileTransportTimer开始扫描并发送文件!
2013-02-21 16:05:20 com.rf.thread.FileTransportTimer发送文件任务结束!
2013-02-21 16:05:20 com.rf.thread.FileTransportTimer开始扫描并发送文件!
2013-02-21 16:05:20 com.rf.thread.FileTransportTimer发送文件任务结束!
2013-02-21 16:05:38 com.rf.thread.FileTransportTimer开始扫描并发送文件!
2013-02-21 16:05:38 com.rf.thread.FileTransportTimer发送文件任务结束!
[/color]
处理文件的时候线程正在运行，新的定时任务不会执行到文件处理的代码部分就会return掉，但当第一个定时任务执行完成后，一下子就打印出了好多后面的这些日志，这点不太明白？？？